Aunque las Rías Baixas gallegas están encuadradas en una región de clima oceánico con altas precipitaciones y estacionalidad moderada, el clima de tres de los archipiélagos del Parque (Sálvora, Ons y Cíes) se podría clasificar como mediterráneo subhúmedo de tendencia atlántica. En ellos se aprecia una menor descarga de lluvias que en la costa próxima, debido a que las bajas altitudes de las islas apenas suponen un obstáculo para las nubes. Se recoge una media de aproximadamente 1.000 mm de precipitación anual en Cíes y 1.500 mm en Ons y Sálvora, En verano, las precipitaciones suelen ser escasas. Cortegada, por su situación en el interior de la ría y cercana a la costa, pierde la condición mediterránea y presenta un clima atlántico con casi 2000 mm de precipitación anual. La temperatura media anual oscila entre los 13 y 15 ºC, con poca variabilidad estacional, y los vientos dominantes son del Norte en los meses de verano y del Suroeste durante el invierno.
En cuanto a la geología, la litología dominante se alterna entre el dominio esquistoso (micaesquistos y cuarzoesquistos), el granítico y el gnéisico. Tras la orogenia Alpina del Terciario, que provoca el hundimiento de los bloques de la cordillera costera de la que formaban parte las islas, y con la inundación por el mar de las partes bajas de la costa tras la última glaciación, se forman las rías y las islas. Las costas son muy irregulares y abruptas, con numerosos acantilados y depósitos arenosos. La casi totalidad de las unidades edáficas están alteradas por la ocupación histórica de las islas, a excepción de los acantilados, por su carácter inaccesible; aun así, es factible su recuperación.
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